Thái Tổ Miếu là miếu thờ nằm ở phía Đông Nam bên trong Hoàng Thành, được xây dựng dưới thời vua Gia Long vào năm (1804), là nơi thờ đức Thái Tổ Gia Dũ Hoàng đế (chúa Nguyễn Hoàng) và Hoàng hậu và các vị chúa nhà Nguyễn khác.

Năm 1805, vua Gia Long đã cho đặt thờ thêm các bài vị của những công thần, người có công lớn đối với các Chúa. Toà nhà chính Thái Miếu kiến trúc được xây dựng theo kiểu “nhà kép”, chính đường 13 gian 2 chái kép, tiền đường 13 gian 2 chái đơn. Phía Đông nhà chính là điện Long Đức, phía Nam có điện Chiêu Kính, đối diện với điện Chiêu Kính ở phía Tây là điện Mục Tư, phía Bắc điện này có toà nhà vuông. Phía trước Thái Miếu có gác Tuy Thành kết cấu 3 tầng, phía Nam gác Tuy Thành, hai bên có nhà Tả Vu và Hữu Vu, bài vị của các công thần được đặt phối thờ ở hai nhà này.